La fábrica principal de la iglesia San Juan Bautista de Albacete, como es conocido, se llevó a cabo a lo largo del siglo XVI; una compleja obra levantada sobre la antigua parroquia de época medieval de carácter mudéjar. Desde el año 1515, en que se inició la construcción, fueron muchas las vicisitudes que atravesaron las obras; incluso, nunca llegaron a concluirse según los proyectos iniciales, pus si bien el templo mantiene la estructura columnaria y de salón de tres naves, solo llegaron a terminarse, en su espacio interno, tres tramos de los cuatro que habría de tener la obra concluida. Por tanto, únicamente se construyeron cuatro de las seis columnas proyectadas. Las bóvedas se cerraron a finales del siglo XVII y la fachada principal y tercer tramo en el siglo XX.
Albacete era, en el siglo XVI, una discreta pero próspera villa del Obispado de Cartagena, que alcanzaba casi los 5000 habitantes. Tenía una sola parroquia la de San Juan Bautista, numerorsas ermitas urbanas y periurbanas, un gran convento de frailes franciscanos observantes -fundado en 1485- y otros conventos y monasterios que se establecieron a lo largo del siglo XVI; así, el de los agustinos y el de los ermitaños de San Antón y otros femeninos de franciscanas y el de canonesas de San Lorenzo Justiniano. Posteriormente, se fundarían otras comunidades en los siglos XVII y XVIII. Es evidente, pues, que la villa de Albacete, en la primera mitad de la centirua del quinientos, era el núcleo urbano más próspero de toda la comarca. La histórica Chinchilla, desde fines del siglo XV, había sufrido una franca decadencia; Alcaráz, progresivamente, también reflejaba la pérdida de su importancia estratégica; Villarrobledo y San Clemente sí podían competir directamente con el cierto progreso alcanzado por Albacete que basaría su prosperidad en su situación geográfica, como zona de fáciles accesos, en la agricultura cerealista y del víñedo y en la ganadería lanar, así como en un comercio que había tenido en su feria, de origen medieval, una buena fuente de riqueza. Por otra parte, en la villa no había una influyente nobleza propiciadora de grandes proyectos artísticos sino una discreta hidalguía, no muy numerosa, aunque sí existió algún acaudalado propietario siempre con apetencias nobiliarias.
Estas circunstancias llevarían a los albaceteños de inicios del siglo XVI a plantear la construcción de un ambicioso templo parroquial casi de proporciones catedralicias, en un ambiente socioeconómico aparentemente próspero, principalmente durante los años del reinado de Carlos I. Después, en el último tercio del siglo, en época de Felipe II, esta teórica prosperidad se trocó en probeza por impuestos, crisis, guerras, epidemias, malas cosechas o plagas de langosta. Bien es sabido que cuando la pobreza se hace presente, afecta más directamente al grupo de población más sensible: el estado llano.
Todos estos hechos supusieron, pues, que la gran obra proyectada de la iglesia parroquial, que por otra parte había sufrido el contratiempo de la necesaria sustitución de unos pilares por otros y el estrepitoso hundimiento de sus bóvedas, se paralizase en su ritmo constructivo; de este modo, al llegar a la segunda mitad del siglo XVI, el discreto pueblo de Albacete tuvo qu contentarse con tener una parroquia medio construida pero de tales proporciones que la conclusión superaba los escasos recursos económicos para poder ver su final. Es en ese contexto cuando se construye la gran obra de la sacristía y todos sus recursos económicos fueron a ese fin. Después, la continuación de la obra del templo no se pudo abordar.
A lo largo del siglo XVI, fueron numerosos los artífices que intervinieron en la construcción de la parroquia de San Juan, desde los maestres Pedro y Hortín Pérez, canteros, que aparecen en los primeros años; Jerónimo Quijano, que diseña las columnas en 1538, según lo aconsejado por Diego de Siloé, y otros muchos maestros, fundamentalmente vascos, como Martín de Gazaga, Juan de Urtiaga o Juan de Sagarra, y Juan de Anglés, conocido por algunas construcciones renacentistas en Orihuela (Alicante) y que falleció en la villa de Albacete siendo maestre mayorde las obras en 1594. De 1597, se conserva un plano trazado por Pedro de Monte, en donde se indica lo construido y lo que faltaba por terminar, mandado levantar por el obispo de Cartagena, don Sancho Dávila.